Por auto del 15 de junio de 1689, rubricado por la autoridad suprema de la Isla, Antonio de Viana Hinojosa, y con la aprobación del Obispo Evelino de Compostela, se ordenó que la nueva villa, que se fundaría un mes después, en los terrenos del hato de Antonio Díaz, se denominara Gloriosa Santa Clara. Con el decurso se omitió el término Gloriosa, para convertirse en la Villa de Santa Clara. Así, durante más de un siglo primó esta denominación, aunque se hizo frecuente que se le llamara, también, Villa Clara.
En reunión extraordinaria del Cabildo, celebrada el 24 de julio de 1867, se dio lectura a un oficio del Director General de la Administración de la Isla, con fecha 19 del mismo mes, en el que el Ministerio de Ultramar, por Real Orden del 12 de mayo, de su Majestad Isabel II, concedió a la Villa de Santa Clara el Título de Ciudad.
Durante el siglo XIX Santa Clara adquirió el perfil de urbe: nuevas publicaciones periódicas reflejaron el desarrollo económico logrado hasta ese momento. Entre 1831 y 1860 circularon cinco periódicos, se construyeron nuevas obras domésticas y comerciales y avanzó la instalación del alumbrado de gas para la villa; en 1856 fue fundado el primer Cuerpo de Bomberos, y se apareció cierto progreso cultural, acciones que se unían a la presencia, desde mediados de los años 50, del ferrocarril.
A partir de ese momento hubo un uso más frecuente del término Villa Clara. No obstante, muchas autoridades y pobladores de la recién nacida ciudad reclamaron respeto al nombre que históricamente había tenido el lugar: Santa Clara.
Nueve meses después el 28 de febrero de 1868, el Ayuntamiento de la provincia acordó por unanimidad manifestar a la primera autoridad de la Isla la solicitud al Tte. Gobernador de que informara el porqué el membrete que usaba la Comandancia Militar de la Ciudad llevaba el calificativo de Villa Clara, si era este indebido.
Esta manifestación, expuesto por el Síndico, quedó escrita en acta capitular en la que señalaba «que hay la notable impropiedad de llamarla ciudad de Villa Clara en lugar de Santa Clara, que es el verdadero nombre de la población, según lo que se dispusiera por la Capitanía General en 15 de junio de 1689 en que se adoptó la medida de situar aquí la Villa. Ha dado también lugar á ello el uso frecuente de llamársele Villa Clara antes de tener el título de Ciudad como un simplificación del nombre Villa de Santa Clara y por qué en la Real Orden que la elevó a esa categoría se denominó Villa de Villa Clara. Por consiguiente partiendo de estos antecedentes y en virtud de lo dispuesto por el Excelentísimo Sr. Superior Gobernador Civil es de informarse a su Exc. que con arreglo a esta observación debe adoptarse la denominación de Ciudad de Santa Clara que es la que corresponde ».
La respuesta del Gobernador Superior Civil se hizo efectiva el 3 de julio del mismo año, cuando, de pleno acuerdo con el Ayuntamiento Local, dio su aprobación, incluso antes de recibir respuesta del Gobierno Superior y de su Majestad.
«El excelentísimo Sr. Gobernador Superior Civil. Disponiendo que sin perjuicio de los que resuelva el Gobierno de su Majestad ha dispuesto que esta ciudad cese de nombrarse Villa Clara, sustituyéndose con la de Santa Clara que legítimamente le corresponde ».
Los desacuerdos continuaron durante más de 25 años. Transcurriendo el tiempo el 1.o de enero de 1899 los Estados Unidos ocuparon militarmente a Cuba, y finalizó de manera oficial el poderío de España en la Isla. La respuesta de su Majestad no se hizo efectiva. Santa Clara continuó siendo ciudad y capital de la entonces provincia de Las Villas, y más tarde, en 1976, capital de la actual provincia de Villa Clara.